2007年1月24日，安惠百菌健牌康原胶囊产品获得中国管理科学学会、中国高技术企业发展评价中心、中国高新技术企业期刊社联合评定的“最具市场价值的高新技术产品”荣誉称号。同时，百菌健牌康原胶囊还与公司的另一产品——灵芝孢子虫草菌丝体粉携手获得“江苏省名牌产品”荣誉称号。

2006年11月14日，2006年度“江苏青年科技创业十大明星”评选活动于揭晓，陈惠董事长以“科技为先导，创行业标准，勇做食用菌健康产业领路人”荣幸当选，同时被团省委授予“江苏省新长征突击手标兵”称号。

2006年11月4日，第四届东亚（暨十加三）食用菌合作研讨会在安惠公司隆重举行，来自日本、韩国、菲律宾、越南、泰国等国家以及国内的90余位食（药）用菌界专业人士济济一堂，沟通信息、交流经验，共同探讨食用菌最新研究课题以及行业发展问题。

2006年10月24日，中国科学院微生物研究所——安惠公司合作签约仪式隆重举行。安惠公司董事长陈惠与中国科学院微生物研究所副所长马树恒在会上签署了多项合作协议，包括中国科学院微生物研究所和江苏安惠生物科技有限公司组建“中国科学院安惠药用菌研究院”，共建“中国科学院微生物研究所/江苏安惠生物科技有限公司药（食）用菌联合实验室”，建立“中国科学院微生物研究所博士后安惠科研基地”，设立“戴芳澜讲座教授基金”等。

2006年8月12日，在第八届全国药用真菌学术研讨会上，陈惠董事长当选为中国食用菌协会药用真菌委员会副主任委员，公司首席科学家陈国良教授担任委员。

2006年8月2日，中共江苏安惠生物科技有限公司党总支正式成立。

2006年6月20日，公司通过ISO14001环境管理体系认证。

2006年4月30日、5月6日，陈惠董事长分别荣获“江苏省劳动模范”、“江苏省十大优秀青年企业家”称号。